GreatCut-Rの「ステップ数」は「1」になっていますか？

機器へ出力ウィンドウまたはレイヤー設定ウィンドウのパラメーターでステップ数を「1」以外に設定していると、カット回数に加算されます。

機器へ出力ウィンドウまたはレイヤー設定ウィンドウを確認してください。