カットデータを回転していませんか？

CutStudio でクロップマーク付きのカットデータを初期設定から回転させた場合、原点位置が変わってしまうためカット位置がずれます。

CutStudio のカット設定を開いて、回転リストボックスから右へ90°を選択してください。